Kodikologi berasal dari kata Latin Codex (bentuk tunggal : bentuk jamak ialah codices) yang di dalam bahasa Indonesia diterjemahkan menjadi naskah, bukan menjadi kodeks. Dahulu, kata caudex atau codex dalam bahasa Latin menunjukkan bahwa ada hubungannya dengan pemanfaatan kayu sebagai alat tulis; pada dasarnya, kata itu berarti ‘teras batang pohon’. Kata codex kemudian di dalam berbagai bahasa dipakai untuk menunjukkan suatu karya klasik dalam bentuk naskah. Sedangkan Baried menguraikan sebagai berikut: Kodikologi ialah ilmu kodeks. Kodeks adalah bahan tulisan tangan.... Kodikologi mempelajari seluk-beluk semua aspek naskah, antara lain bahan, umur, tempat penulisan, dan perkiraaan penulispenulis naskah (Baried, 1983 : 55).
Hermans dan Huisman menjelaskan bahwa istilah kodikologi codicologie diusulkan oleh seorang ahli bahasa Yunani. Alphonse Dain, dalam kuliah-kuliahnya di Ecole Normale Superieure, Paris, pada bulan Februari 1944. Istilah ini baru terkenal pada tahun 1949, ketika karyanya, Les Manuscrits, diterbitkan untuk pertama kalinya pada tahun tersebut (Hermans dan Huisman dalam Rujiati, 1994 : 2) Dain sendiri menjelaskan bahwa kodikologi ialah ilmu mengenai naskah-naskah dan bukan ilmu yang mempelajari apa yang tertulis di dalam naskah. Ditambahkannya pula bahwa walaupun kata ini baru, ilmu kodikologi sendiri bukanlah ilmu yang baru.
Selanjutnya, dikatakannya bahwa tugas dan “daerah” kodikologi antara lain ialah sejarah naskah, sejarah koleksi naskah, penelitian mengenai tempat naskah-naskah yang sebenarnya, masalah penyusunan katalog, penyusunan daftar katalog, perdagangan naskah, dan penggunaan naskah-naskah itu. Istilah lain yang dapat dipakai di samping istilah naskah ialah istilah manuskrip (bahasa Inggris manuscript). Kata manuscript diambil dari ungkapan Latin codicesmanu scripti (artinya, buku-buku yang ditulis dengan tangan. Kata manu berasal dari manus yang berarti tangan dan scriptusx berasal dari scribere yang berarti menulis. Dalam bahasa-bahasa lain terdapat kata-kata handschrift (Belanda), Handschrift (Jerman), dan manuscrit (Perancis).
Dalam berbagai katalogus, kata manuscript dan manuscrit biasanya disingkat menjadi MS untuk bentuk tunggal dan MSS untuk bentuk jamak, sedangkan handschrift dan handschrifen disingkat menjadi HS dan HSS. Di dalam bahasa Malaysia, perkataan naskah digunakan dengan meluas sebelum perkataan manuskrip. Di dalam bahasa Indonesia, kata naskah jauh lebih banyak dipakai daripada kata manuskrip untuk pengertian codex. Oleh karena kata naskah sudah pendek, sebaiknya kita jangan lagi menyingkat kata ini. Dengan demikian, kodikologi dapat diartikan sebagai ilmu tentang naskah atau ilmu pernaskahan. Di dalam kehidupan sehari-hari, arti kata naskah dalam bahasa Indonesia, memang bermacam-macam. Biasanya, digabungkan juga dengan kata-kata lain sehingga kita dapatkan sejumlah gabungan kata seperti naskah pidato, naskah undang-undang, naskah perjanjian, dan naskah kerja sama. Dalam hal ini, arti kata naskah telah bergeser pada arti teks.
Di dalam kodikologi atau ilmu pernaskahan --juga di dalam ilmu filologi – kita harus membedakan antara kata naskah dan teks. Secara singkat dapat dikatakan bahwa yang dimaksudkan dengan teks ialah apa yang terdapat di dalam suatu naskah. Dengan perkataan lain, teks merupakan isi naskah atau kandungan naskah, sedangkan naskah adalah wujud fisiknya.
